La Chiesa di Santa Lucia alla Badia sembra essere costruita in due stili diversi: la parte inferiore è alla maniera del Picherali, con i rilievi degli stemmi spagnoli, mentre la decorazione dell’ordine superiore è una specie di variante di rococò che ricorda i pannelli in legno così frequenti nelle sacrestie siciliane. Rilievi dello stesso stile ornano la facciata di Palazzo Borgia. 

Affacciata sulla piazza del Duomo, la chiesa si presenta con questa sua capricciosa facciata barocca con elementi rococò, percorsa da un lungo balcone con ringhiere in ferro battuto dietro le quali le monache del convento potevano osservare le cerimonie della piazza.

Dal 2009 la chiesa ospita “Il seppellimento di S. Lucia”, l’imponente olio su tela che Caravaggio dipinse tra il 1608 e il 1609 durante il suo soggiorno a Siracusa.