Il cimitero delle Fontanelle servì come luogo di sepoltura dei defunti che non avevano trovato più posto nelle chiese, delle vittime delle pestilenze, delle carestie e dei disastri naturali.

Attorno al Cimitero delle Fontanelle si concentrarono riti, leggende e racconti di miracoli. Per un periodo divenne luogo di un profondo culto popolare. Al suo interno infatti si svolgeva il cosiddetto rito delle “anime pezzentelle”: ogni napoletano adottava e si prendeva cura di un cranio, detto “capuzzella”, appartenente a un’anima abbandonata del purgatorio, “pezzentella” appunto, e in cambio avrebbe ricevuto protezione.